r - resolve metaMDS error : "veg_distance" not available for .C() for package "vegan" -
i keep getting following error when trying run metamds()
vegan
package:
my_mds <- vegan::metamds(df_species, distance="bray", k=2, trymax=1000, autotransform=true) error in .c("veg_distance", x = as.double(x), nr = n, nc = ncol(x), d = double(n * : "veg_distance" not available .c() package "vegan"
i have tried:
1. searching online error - yields 0 results
2. reducing size of data frame 17 rows , 12 columns
3. clearing packages global environment eliminate potential package conflicts
4. specifying vegan::metamds
nothing has worked. can provide solution error?
example data here:
structure(list(species_1 = c(68.75, 51.4583333333333, 67.1666666666667, 36.3333333333333, 37.1666666666667, 45, 34.25, 20.9583333333333, 41.75, 85.7272727272727, 63.5, 27.1666666666667, 59.5, 76.75, 50.1666666666667, 35.25, 42), species_2 = c(21.3333333333333, 26.2916666666667, 32.7083333333333, 36.6666666666667, 26.25, 24.75, 27.0833333333333, 27.5, 39.3333333333333, 35, 24.0833333333333, 18.0833333333333, 16.3333333333333, 31.75, 23.3333333333333, 21.5, 22.8333333333333), species_3 = c(11.6666666666667, 7.66666666666667, 18.0416666666667, 36.85, 50.6666666666667, 45.9166666666667, 48.5833333333333, 16.0833333333333, 15.9166666666667, 17.2727272727273, 11.8333333333333, 3.83333333333333, 1.95833333333333, 1.04166666666667, 6.45833333333333, 7.70833333333333, 9.41666666666667), species_4 = c(2.5, 3.25, 2.25, 3.375, 6.70833333333333, 11.3333333333333, 7.70833333333333, 4.04166666666667, 8.58333333333333, 4.72727272727273, 0.916666666666667, 1.45833333333333, 1.375, 2.54166666666667, 1.75, 4.79166666666667, 3.58333333333333), species_5 = c(2.5, 7.41666666666667, 14.25, 4.45833333333333, 5.66666666666667, 9.04166666666667, 5.54166666666667, 5, 6.41666666666667, 3.59090909090909, 2.54166666666667, 2.66666666666667, 2.25, 2.25, 1.75, 2.83333333333333, 4.16666666666667), species_6 = c(0.0833333333333333, 0.458333333333333, 0.0416666666666667, 0.5, 0.458333333333333, 0.416666666666667, 0.541666666666667, 11.9583333333333, 0.208333333333333, 0, 0.125, 2.29166666666667, 24.7916666666667, 0.5, 0.416666666666667, 0.708333333333333, 0.166666666666667), species_7 = c(1.5, 2.45833333333333, 2.41666666666667, 2.125, 3.33333333333333, 2.45833333333333, 2.95833333333333, 4.16666666666667, 1.5, 1.63636363636364, 1.375, 2.04166666666667, 1, 1.04166666666667, 2.16666666666667, 2, 2 ), species_8 = c(1.20833333333333, 3.45833333333333, 1.75, 1.20833333333333, 0.958333333333333, 0.791666666666667, 0.5, 0.666666666666667, 1.83333333333333, 0.909090909090909, 0.583333333333333, 1.91666666666667, 0.75, 1.20833333333333, 0.791666666666667, 2.08333333333333, 0.583333333333333), species_9 = c(0.125, 0.208333333333333, 1.58333333333333, 0.375, 0.0416666666666667, 0.916666666666667, 0.166666666666667, 0.166666666666667, 1.25, 0.363636363636364, 0.625, 0.25, 0.291666666666667, 0.375, 0.291666666666667, 0.25, 0.208333333333333), species_10 = c(0.166666666666667, 0, 0.166666666666667, 0.0833333333333333, 0.25, 0.208333333333333, 0.0416666666666667, 0.625, 0.166666666666667, 0.0909090909090909, 0.166666666666667, 0.25, 0.166666666666667, 0.208333333333333, 0.125, 0.583333333333333, 0.0833333333333333), species_11 = c(0.125, 0.0416666666666667, 0.0833333333333333, 0.458333333333333, 0.166666666666667, 0.0416666666666667, 0, 0.0416666666666667, 0.166666666666667, 0.0454545454545455, 0.0833333333333333, 0.0833333333333333, 0.166666666666667, 0.291666666666667, 0, 0.291666666666667, 0.333333333333333), species_12 = c(0, 0, 0.416666666666667, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.166666666666667, 0, 0, 0)), class = c("tbl_df", "tbl", "data.frame"), row.names = c(na, -17l), .names = c("species_1", "species_2", "species_3", "species_4", "species_5", "species_6", "species_7", "species_8", "species_9", "species_10", "species_11", "species_12"))
session info:
r version 3.4.0 (2017-04-21) platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) running under: windows >= 8 x64 (build 9200) matrix products: default attached base packages: [1] stats graphics grdevices utils datasets methods base other attached packages: [1] dplyr_0.5.0 mass_7.3-47 vegan_2.4-3 lattice_0.20-35 permute_0.9-4 loaded via namespace (and not attached): [1] rcpp_0.12.10 assertthat_0.2.0 grid_3.4.0 r6_2.2.0 nlme_3.1-131 dbi_0.6-1 [7] magrittr_1.5 lazyeval_0.2.0 matrix_1.2-10 tools_3.4.0 parallel_3.4.0 compiler_3.4.0 [13] cluster_2.0.6 mgcv_1.8-17 tibble_1.3.0
re-install vegan. r version 3.4.0 binary-incompatible r 3.3.x , packages compiled code must re-installed in r 3.4.0.
Comments
Post a Comment